Accelerating Digital Preservation: Harnessing the Supek Supercomputer for High-Resolution Photogrammetry, dr. sc. Davor Davidović, Branimir Kolarek, Institut Ruđer Bošković, Vinko Đurić, Sveučilište u Zagrebu Fakultet elektrotehnike i računarstva
Sažetak: Photogrammetry, especially Structure-from-Motion (SfM), has become a popular method for 3D documentation in cultural heritage, archaeology and palaeontology. While modern workstations offer reliable processing, they often struggle with the memory and computational demands of the ultra-high-resolution datasets required for digitising delicate artefacts and large-scale sites. High-Performance Computing (HPC) offers a solution, yet commercial photogrammetry software frequently lacks native integration with HPC systems.
In this work, we present the deployment of Agisoft Metashape Professional on the supercomputer “Supek”. A primary contribution is the development of a Python-based command-line interface wrapper. By leveraging Agisoft's Python API, we automated standard batch functionality into a headless executable. This transition from manual GUI interaction allowed seamless integration into the Slurm scheduler, enabling automated resource allocation and job queuing. Furthermore, we tested a hybrid approach in which users perform initial setup and quality control via a local GUI before offloading processing tasks to the supercomputer.
Our preliminary performance analysis compares the supercomputer with high-end workstations, demonstrating significant speedups in dense cloud generation and mesh reconstruction. This integration shows how superior computational performance can be harnessed for large-scale digitisation and preservation of cultural heritage.
Computational design of strong organic hydride donors, Mario Damjanović, dr. sc. Borislav Kovačević, Institut Ruđer Bošković
Sažetak: Motivated by recent findings that bisphosphines can act as very strong hydride donors, we designed new bisphosphine systems and computed their hydricities. Using homodesmotic reactions, we quantified the contribution of the dative P–P bond to molecular stabilization and, consequently, to hydricity. The P–P interaction was found to have a significant stabilizing effect (62,6–84,9 kcal/mol). The calculated hydricities range from −3.1 to 25.1 kcal/mol, placing these compounds among the strongest hydride donors reported to date. This work highlights the importance of high-performance computing (HPC), which enables such calculations to be carried out within scientific research and significantly accelerates the discovery process by reducing reliance on experimental methods.
Decoding Heterocycle Conformation with High-Performance Computing, Petra Kalinovčić, Jakov Borovec, prof. dr. sc. Ines Primožič, prof. dr. sc. Tomica Hrenar, Sveučilište u Zagrebu Prirodoslovno-matematički fakultet
Sažetak: Heterocyclic compounds containing oxygen and nitrogen are prevalent in bioactive molecules, forming the core structures of numerous pharmaceuticals and natural products. A thorough understanding of their conformational preferences is therefore crucial for rational drug design, as the three-dimensional shape of a molecule directly impacts its binding affinity and selectivity for a biological target. Preferred conformations are highly sensitive to factors such as ring size, the number and position of heteroatoms within the ring system, and the electronic and steric properties of potential substituent groups. Subtle changes in these parameters can significantly alter the conformational landscape, influencing the molecule’s overall shape and reactivity.
This study presents a comprehensive conformational analysis of oxygen/nitrogen heterocycles, leveraging advanced computational methods and high-performance computing resources. Initial geometries were generated using ab initio molecular dynamics, followed by machine-learning-driven dimensionality reduction via tensor decomposition. These structures were then refined using high-level DFT calculations (B3LYP-D3BJ/6-311++G(d,p)), and their local minima were confirmed by frequency calculations. Standard Gibbs energies of formation were computed, revealing complex potential energy surfaces and key factors governing conformational stability, providing valuable insights into the bioactive conformational space of these important compound
DIARH - Digitalni repozitorij Instituta za arheologiju, Kristina Turkalj, Kristina Jelinčić Vučković, dr. sc. Daria Ložnjak Dizdar, Institut za arheologiju, dr. sc. Goran Zlodi, Sveučilište u Zagrebu Filozofski fakultet, Ivica Sačer, Link2
Sažetak: DIARH je Digitalni repozitorij arheološke dokumentacije i istraživačkih podataka Instituta za arheologiju. Tom repozitoriju je prethodilo otvaranje repozitorija RIARH na platformi DABAR. Građa koja je pohranjene u repozitoriju RIARH nije sva građa koju Institut posjeduje, te se pokazala potreba za stvaranjem repozitorija gdje će biti objedinjena i arhivska arheološka dokumentacija i istraživački podaci Instituta. Projekt je pokrenut 2023. godine kao mjesto za pohranu i pretraživanje arhivske arheološke dokumentacije i istraživačkih podataka završenih i objavljenih arheoloških istraživanja i projekata organiziranih u zbirke.
Izazovi s kojima smo se susretali prilikom izrade strukture repozitorija DIARH su bili brojni: organizacija dokumentacije arhiva Instituta, digitalizacija, prilagodba digitalizirane građe za pohranu u repozitoriju, stvaranje i prilagodba aplikacije za potrebe arheološke dokumentacije i istraživačkih podataka. Radna skupina djelatnika Instituta izradila je temeljnu strukturu za pohranu digitaliziranje i digitalne građe koja je nastala unutar Instituta.
Pri izradi repozitorija ključni su bili i iskustvo i znanje stručnjaka s područja informacijskih znanosti i programiranja. Uključivanjem djelatnika iz Link2 stvoren je repozitorij kombinirajući platformu Modulor++ i strukturu podataka koju su osmislili djelatnici Instituta.
Repozitorij je bio u fazi stvaranja, unapređivanja, testiranja i pohrane podataka na server do 2026. kada je otvoren za javnost.
FAIR-R²L - novi okvir za upravljanje istraživačkim podacima u okruženju umjetne inteligencije, doc. dr. sc. Lea Škorić, Dina Vrkić, Sveučilište u Zagrebu Medicinski fakultet
Sažetak: Rastuća primjena umjetne inteligencije (AI) i strojnog učenja (ML) u znanosti naglašava potrebu za skupovima podataka koji nisu samo tehnički otvoreni, već i pravno te etički spremni za ponovnu uporabu. Postojeći FAIR principi temelj su upravljanja istraživačkim podacima, no prvenstveno su usmjereni na tehničke aspekte i ne obuhvaćaju u potpunosti izazove licenciranja i pravne sigurnosti u AI kontekstu.
HE projekt IP4OS – Unpacking the possibilities of Intellectual Properties for Open Science razvija smjernice za učinkovitu valorizaciju znanja kombiniranjem agilnog upravljanja intelektualnim vlasništvom s otvorenim dijeljenjem rezultata istraživanja. Važan doprinos projekta je razvoj inovativnog IP4OS Toolboxa, namijenjenog multidisciplinarnim timovima, znanstvenicima, stručnjacima za prijenos znanja, knjižničarima i ustanovama, radi jačanja njihove sposobnosti za odgovorno i učinkovito korištenje rezultata istraživanja.
Dio Toolboxa čini FAIR-R²L Rubrics, koji je razvio MIK kao nadogradnju koncepta FAIR-R (AI-Readiness). FAIR-R²L uvodi dodatnu dimenziju – Responsible & Legally ready data – tražeći da podaci budu ne samo pronalazivi i interoperabilni, već i etički prihvatljivi, odgovorno licencirani, usklađeni s PID strategijama te održivi i pravno spremni za ponovnu uporabu u AI i ML kontekstu. Primjenom FAIR-R²L pristupa olakšava se procjena i unaprjeđenje kvalitete podataka te jača spremnost za otvorenu, transparentnu i odgovornu znanost u suvremenom okruženju.
Korekcija pristranosti nanoCAGE podataka pomoću dubokog učenja, Ira Renko, dr. sc. Damir Baranašić, dr. sc. Matija Piškorec, Institut Ruđer Bošković
Sažetak: Metode visoke protočnosti u genomici, biomedicini i molekularnoj biologiji generiraju iznimno velike količine podataka — često desetke milijuna pojedinačnih očitanja u jednom eksperimentu. To omogućuje precizno mapiranje i kvantifikaciju različitih molekularnih obilježja (npr. transkripcijskih događaja), ali istodobno može uvoditi sustavne pristranosti ovisne o eksperimentalnom protokolu te svojstvima sekvence ili signala. Takve pristranosti mogu iskriviti stvarnu sliku biološkog stanja i otežati usporedbu rezultata između različitih platformi, serija mjerenja ili laboratorija. Kako bismo umanjili taj učinak, razvili smo pristup temeljen na dubokom učenju, koristeći konvolucijske neuronske mreže trenirane za učenje i korekciju sistematskih pristranosti u podacima, s ciljem povećanja njihove pouzdanosti i usporedivosti s referentnim mjerenjima.
Za učinkovitu obradu 128 261 uzoraka primijenili smo pretprocesiranje za normalizaciju sirovih podataka. Modele definirane “PyTorch” programskim paketom smo trenirali na HPC sustavu koristeći grafičke kartice s CUDA akceleracijom. Takav način treniranja omogućio je konvergenciju do 200 epoha u svega sat vremena rada, kao i brzo vrednovanje modela. Posljedično, modeli su testirani efikasnije u odnosu na lokalno izvođenje. Primjena ovog pristupa doprinosi kvalitetnoj i pouzdanoj analizi bioloških “big data” podataka, ponovljive rezultate, uz racionalno korištenje računalnih kapaciteta te skalabilnost na različitim HPC okruženjima.
Mapiranje politika otvorene znanosti i otvorenog znanstvenog izdavaštva javnih visokih učilišta u Hrvatskoj, Ivana Morić Filipović, izv. prof. dr. sc. Drahomira Cupar, Sveučilište u Zadru
Sažetak: Otvorena znanost predstavlja jedan od ključnih strateških ciljeva europskog istraživačkog prostora, no njezina provedba uvelike ovisi o tome kako se nacionalne i europske smjernice prevode u institucionalne politike, digitalnu infrastrukturu i svakodnevnu izdavačku praksu. U hrvatskom sustavu visokog obrazovanja do sada nije postojao cjelovit pregled načina na koje su javna visoka učilišta usvojila i implementirala principe otvorene znanosti ni u kojoj mjeri.
Ovaj poster predstavlja sustavno mapiranje institucionalnih politika otvorene znanosti na svim javnim visokim učilištima u Republici Hrvatskoj, uz poseban naglasak na otvoreni pristup znanstvenim časopisima i knjigama. Analiza se temelji na javno dostupnim dokumentima i digitalnim infrastrukturama institucija, uključujući politike otvorene znanosti, strategije razvoja, pravilnike izdavačke djelatnosti i rada knjižnica, repozitorije i izdavačke platforme. Istražuje se formalna regulacija otvorene znanosti i otvorenog pristupa te njihova provedba.
Cilj je identificirati stanje otvorenog znanstvenog izdavaštva na javnim visokim učilištima u Hrvatskoj te pokazati kako se otvorena znanost provodi u praksi. Rezultati pružaju temelje za raspravu o budućem razvoju izdavačke djelatnosti kao ključnog elementa održive otvorene znanosti u Hrvatskoj.
Motion compensation for real-time ultrasound scanning in robotically assisted prostate biopsy procedures, Matija Markulin, Luka Matijević, Luka Šiktar, Janko Jurdana, doc. dr. sc. Filip Šuligoj, doc dr. sc. Bojan Šekoranja, izv. prof. dr. sc. Marko Švaco, Sveučilište u Zagrebu Fakultet strojarstva i brodogradnje
Sažetak: Prostate cancer is one of the most common types of cancer in men. Its diagnosis by biopsy requires a high level of expertise and precision from the surgeon, so the results are highly operator-dependent. To reduce the dexterity requirements and enable faster, more accurate and more available prostate biopsy, we developed a robotic system for assisted ultrasound (US) examination of the prostate. Our laboratory setup consists of a collaborative robotic arm that can autonomously scan a prostate phantom and a medical phantom attached to a medical robotic arm that mimics the patient's movements. The scanning robot keeps the relative position of the US probe and the prostate constant, ensuring a consistent and robust approach to reconstructing the prostate.
Novi Dabar : reimplementirana nacionalna infrastruktura za digitalne repozitorije, dr. sc. Dejana Carić, Draženko Celjak, Marko Cundeković, Mario Fabijanec, Matko Horvat, Ivan Jelenić, Ljiljana Jertec Musap, Fran Mikolić, Barbara Tatai, Iva Vidović, Sveučilište u Zagrebu Sveučilišni računski centar
Sažetak: Sustav Digitalni akademski arhivi i repozitoriji (Dabar) nacionalni je sustav koji pravnim osobama iz akademske i znanstvene zajednice omogućava jednostavnu uspostavu i održavanje pouzdanih i interoperabilnih institucijskih i tematskih repozitorija te time omogućava sustavnu brigu o rezultatima znanstvene, obrazovne i kreativne produkcije u digitalnom obliku. Od puštanja u produkciju 2015. godine do siječnja 2026. godine u Dabru je uspostavljeno 185 repozitorija s više od 330 tisuća objavljenih objekata, od čega je 56% dostupno u otvorenom pristupu.
Kako bi se osigurala dugoročna održivost sustava, ali i poboljšale postojeće funkcionalnosti, reimplementiran je cijeli sustav na novoj arhitekturi, a migracija je provedena krajem 2025. godine. Cilj postera je prikazati ključne novosti novog Dabra koji donosi niz unapređenja, među kojima valja istaknuti prelazak na novu arhitekturu, izradu novog korisničkog sučelja, reviziju i doradu metapodatkovnih specifikacija, novi način autentikacije te bolje povezivanje s drugim nacionalnim sustavima (CroRIS, ISVU).
Aktivno sudjelovanje akademske i znanstvene zajednice u razvoju sustava rezultiralo je rješenjem usklađenijem s potrebama korisnika. Uspostavljena arhitekturna i organizacijska podloga omogućuje daljnji razvoj sustava, uključujući uvođenje novih vrsta objekata i sustavno unaprjeđivanje postojećih funkcionalnosti u skladu s potrebama zajednice i načelima otvorene znanosti.
Praćenje diplomskih radova, Leo Boroje, prof. dr. sc. Mario Basletić, Sveučilište u Zagrebu Prirodoslovno-matematički fakultet
Sažetak: Svaki fakultet, odsjek ili zavod ima vlastitu praksu praćenja izrade diplomskih radova. Od ponude tema od strane mentora do završnog ispita i obrane rada postoji niz administrativnih i organizacijskih koraka. Ti su procesi pojednostavljeni primjenom web-aplikacija, čime je smanjen broj pogrešaka koje su se ranije javljale prilikom ručnog prepisivanja podataka u različite obrasce i izvještaje. Pri razvoju aplikacija korišteni su ISVU REST API te sustav AAI@EduHr autentikacije.
Promjene u odnosu prema knjigama u otvorenom pristupu na razini ustanove: iskustva s izdavačkom platformom FF Open Press, Iva Melinščak-Zlodi, Irena Kranjec, Ivana Kukić, Sveučilište u Zagrebu Filozofski fakultet
Sažetak: Poster analizira kako se tijekom vremena mijenja odnos prema knjigama u otvorenom pristupu na razini ustanove, oslanjajući se na iskustva izdavačke platforme FF Open Press. Polazište čine prijave autora za izdavačke planove od uspostave platforme 2019. godine do danas, uz uvid u promjene institucionalnih smjernica i uvjeta financiranja povezanih s objavljivanjem knjiga.
U ranijim fazama rada platforme autori su češće tražili odgodu otvorenog pristupa ili davali prednost tiskanom izdanju. U novijem razdoblju uočava se porast interesa za objavljivanje knjiga u otvorenom elektroničkom obliku. Poster razmatra moguće razloge takve promjene, uključujući zahtjeve financijera, promijenjene uvjete institucionalnog financiranja i razvoj politika ustanove, kao i rastuću prepoznatljivost prednosti otvorenih elektroničkih izdanja u pogledu vidljivosti, dostupnosti i online dosega.
Na temelju ovog primjera prikazuje se kako dugotrajnija prisutnost otvorene izdavačke infrastrukture, uz odgovarajuće institucionalne smjernice i knjižničnu podršku, može utjecati na promjene u praksama i očekivanjima autora u vezi s objavljivanjem knjiga.
